益生菌建议在餐后半小时或随餐服用效果最佳。影响服用效果的主要因素有胃酸浓度、食物类型、菌株特性、个体差异、用药时间等。

胃酸浓度在空腹时较高,可能降低益生菌存活率。餐后胃酸被食物稀释,此时服用可帮助更多活菌通过胃部到达肠道。脂溶性食物如牛奶、坚果能进一步保护菌群,适合搭配双歧杆菌等耐酸能力较弱的菌株。
部分耐酸菌株如乳酸杆菌、布拉氏酵母菌可直接随餐服用。食物中的纤维成分可作为益生元促进菌群定植,尤其推荐与燕麦、香蕉等富含膳食纤维的食物同食。但需避免与超过50度的热食同时摄入。
部分研究表明夜间肠道蠕动减缓,有利于菌群附着繁殖。对于需要长期调理肠道的患者,睡前服用可能延长益生菌在消化道的停留时间。但需注意避免与钙剂、抗生素等间隔两小时以上。

抗生素治疗后建议间隔两小时再服益生菌,防止药物杀灭有益菌。腹泻期间可适当增加至每日两次,选择含鼠李糖乳杆菌的制剂。肠易激综合征患者宜在症状发作前规律服用。
婴幼儿宜在早晨喂奶后服用,减少吐奶风险。老年人因消化功能减弱,可分次随三餐服用。术后患者需遵医嘱选择特定菌株,避开创面恢复关键期。

选择益生菌制剂时应注意查看菌株编号及活菌数,不同菌株适应症差异较大。日常可搭配洋葱、芦笋等富含益生元的食物增强效果,服用期间减少高糖、辛辣饮食。若出现腹胀等不适可减量观察,持续不适需暂停使用并咨询保存时需避光防潮,部分菌株需冷藏保持活性。